MATRIX RELOADED

Sei mesi dopo la rivelazione di Neo quale Eletto, gli umani ribelli continuano a lottare contro le macchine, per la definitiva liberazione della specie umana. Guidati dallo stesso Neo, essi percepiscono l'inasprirsi della battaglia quando scoprono i piani delle macchine di distruggere Zion (nel centro della Terra) aprendosi la strada con trivelle. Viene emanato un ordine generale di ritornare a Zion per fermare l'avanzata delle macchine nel mondo esterno, ma chi crede nell'Eletto ignora l'ordine e si tiene fuori dalla cittadella per potersi connettere costantemente a Matrix, nella speranza di importanti comunicazioni dall'Oracolo.

Neo, oltre ai suoi già immensi poteri, sviluppa anche la "veggenza" (la capacità di acquisire, attraverso una percezione extrasensoriale, conoscenza di eventi, luoghi o oggetti, che possono essere nascosti oppure lontani nel tempo o nello spazio); i suoi sogni sono tormentati dall'immagine di Trinity che muore nel mondo virtuale. Durante un incontro con l'Oracolo, in effetti, gli viene detto che dovrà "comprendere" una scelta che, in cuor suo, lui ha già fatto. Le due possibilità tra cui scegliere sono salvare Trinity dalla morte o fermare le macchine. Nel frattempo Neo viene attaccato dai nuovi Agenti di Matrix (gli Agenti Thompson, Johnson e Jackson) che, seppur potenziati, si dimostrano ugualmente meno potenti di Neo.

L'Agente Smith, ormai non più un vero Agente, è divenuto un programma rinnegato alla stregua di un virus informatico, sfuggito alla cancellazione da Matrix (un programma obsoleto o fallito viene scartato ed eliminato) e dotato di nuovi poteri conferitigli involontariamente da Neo, tra cui il libero arbitrio e l'autoduplicazione autonoma.

Neo viene attaccato da un enorme numero di cloni dell'Agente Smith, sfuggendo loro. Nel frattempo, Smith si è sovrascritto anche a Bane, uno degli utenti liberati dal mondo virtuale, infettandone la mente nel mondo reale, e questo fatto gli dà la possibilità di uscire nel mondo esterno, dentro il corpo ospite. Smith, usando il corpo di Bane, prima cerca di uccidere Neo mentre con gli altri si accinge a ripartire da Zion, poi al briefing degli equipaggi suggerisce di mettersi alla ricerca della Nabucodonosor, ma viene bloccato dal capitano dello stesso Bane, che non intende seguire i "vaneggiamenti" di Morpheus e dell'Eletto lasciando indifesa Zion.

Neo, in seguito, scopre l'esistenza di una porta ("backdoor") in un palazzo che permetterebbe all'Eletto di raggiungere la Sorgente (il Mainframe di Matrix, la sua scheda madre) sfuggendo ogni controllo. Allo scopo cerca di raggiungere il Fabbricante di chiavi, un programma rappresentato da un anziano asiatico difeso dal Merovingio e da sua moglie Persephone, due programmi della prima versione di Matrix sopravvissuti ad ogni distruzione e riavvio del programma confinati in un ambiente nascosto perché ormai vecchi ed obsoleti. Morpheus, Neo e Trinity riescono, dopo durissimi scontri con il Merovingio, a liberare il Fabbricante di chiavi che consegna la chiave della Sorgente a Neo poco prima di essere terminato dall'agente Smith.

Neo entra all'interno della porta di luce, ma nel frattempo Trinity è rimasta intrappolata all'interno di Matrix per via di un Agente potenziato che la tiene sotto scacco. Neo incontra l'Architetto, che gli espone la realtà dei fatti: il rifiuto istintivo degli umani ad adeguarsi mentalmente al sistema Matrix è stato il motivo dei continui reboot dello stesso, per questo lui, che creò la prima fallimentare versione del programma (rigettata dalla psiche degli esseri umani perché troppo paradisiaca e irreale), dovette creare la versione definitiva di Matrix con l'aiuto dell'Oracolo. Matrix è molto più vecchia di quello che Neo crede e, prima di Neo, è stata "ricaricata" per ben cinque volte, in ognuna delle quali esistevano corrispondenti "Eletti": ognuno di loro è arrivato a incontrare l'Architetto, facendosi portatore del codice originale che consentiva di ricaricare Matrix ed evitando in questo modo il crash irreversibile del sistema.

Per ridurre tale fenomeno, nella psiche degli uomini controllati da Matrix veniva indotta una possibilità di scelta a livello inconscio, realizzata tramite un altro programma, l'Oracolo, creato per analizzare la psiche umana. Si manteneva comunque esistente un piccolo numero di persone che rifiutavano il sistema e che andavano a popolare Zion. Per mantenere controllata entro certi limiti la ribellione, le macchine periodicamente andavano a distruggere Zion; se ciò fosse avvenuto in concomitanza con un crash del sistema, avrebbe causato la distruzione e definitiva estinzione dell'intera specie umana. Lo scopo dell'Eletto era da un lato stabilizzare il codice evitando il crash del sistema e, dall'altro lato, scegliere 23 persone all'interno di Matrix (16 femmine e 7 maschi) da salvare per ripopolare Zion. L'Architetto, infine, spiega a Neo che lui stesso, l'Eletto, si trova di fronte ad una scelta: seguire il suo obiettivo, resettare Matrix, imboccando la porta alla sua destra, oppure tornare in Matrix per salvare Trinity da morte certa, imboccando la porta alla sua sinistra. Neo sceglie di disubbidire al suo scopo originale nella speranza di salvare l'amata Trinity.

Neo vola da Trinity che, tuttavia, gli muore tra le braccia subito dopo. Tramite la manipolazione della realtà virtuale, riesce ad estrarre il proiettile dal corpo della donna ed a praticarle un massaggio cardiaco diretto ed a mani nude riportandola così in vita. In seguito i due protagonisti si disconnettono e vengono a scoprire che le sentinelle possono distruggere la loro nave tenendosi fuori dal raggio d'azione dei generatori di impulsi elettromagnetici. L'intero equipaggio della Nabucodonosor abbandona la nave hovercraft. Neo però afferma di sentire che qualcosa in lui è cambiato, e che riesce a percepire la presenza delle sentinelle. Nel preciso momento in cui una di queste sentinelle sta per scagliarsi a tutta velocità addosso a Neo, egli riesce a neutralizzarla ed a distruggerla con un impulso dalla sua mano. Anche se al momento non appare chiaro, i poteri di Neo sembrano ora estendersi anche al di fuori della struttura di Matrix.

Neo cade a terra privo di sensi. La sua squadra lo soccorre e tutti vengono salvati da una delle poche navi sopravvissute all'attacco delle sentinelle. Una volta a bordo scoprono che la battaglia con le sentinelle si è trasformata in un massacro, dato che un impulso lanciato da una delle navi per errore, ha reso gli apparati elettronici inutilizzabili, lasciando l'intera flotta alla mercé delle seppie. Dopo la battaglia viene ritrovato un unico superstite oltre a loro, Bane infettato da Smith, anch'egli privo di sensi, lasciando intuire che sia stato proprio lui a sabotare la battaglia causando la distruzione dell'intera flotta degli umani.