X-MEN 2

Wolverine, dopo gli eventi del primo film si è recato ad Alkali Lake nella provincia dell'Alberta (in Canada) per cercare risposte sulle proprie origini, ma la sua ricerca si è rivelata infruttuosa. Mentre Logan fa ritorno al Maniero-X, Nightcrawler, un mutante capace di teletrasportarsi, cerca di uccidere il presidente degli Stati Uniti per la libertà dei mutanti, ma fallisce, quindi il Professor X cerca di localizzarlo utilizzando Cerebro. Dopo aver inviato Jean Grey e Tempesta a recuperare il fuggitivo mutante, Charles, accompagnato da Ciclope, si reca a far visita a Erik Lehnsherr nella sua prigione per chiedergli spiegazioni in merito all'attacco al presidente.

Nel frattempo, il colonnello William Stryker, scienziato militare ossessionato dai mutanti, ottiene dal presidente degli Usa il permesso di arrestare Xavier. Pertanto, le forze di Stryker attaccano il Maniero e molti giovani mutanti vengono catturati. Mentre Colosso porta al sicuro più studenti possibile, Wolverine fugge accompagnato da Rogue, Bobby e Pyro, e stranamente sembra conoscere il colonnello. Nel frattempo, Stryker invia la sua guardia del corpo, Yuriko Oyama (Lady Deathstrike), una mutante molto simile a Wolverine soggiogata con un siero, a catturare Charles e Scott. Intanto, con uno stratagemma, Mystica riesce ad aiutare Magneto a fuggire dalla sua prigione (iniettando ferro in piccole quantità in una delle guardie) e nel computer di Stryker trova inoltre i progetti per una replica di Cerebro. Wolverine e gli altri si rifugiano a Boston dai genitori di Bobby, che fino a quel momento erano rimasti all'oscuro dei poteri del figlio. Dopo una colluttazione con la polizia (avvisata dal fratello minore di Bobby), sul posto giungono anche Jean e Tempesta (chiamate da Logan) che hanno intanto trovato Kurt Wagner ovvero Nightcrawler, il quale era stato sottomesso anche lui da Stryker e costretto ad attaccare il presidente.

Mentre il gruppo vola via con il jet degli X-Men, questi viene attaccato da due aerei militari e solo l'intervento di Magneto salva tutti dallo schianto. Magneto spiega quindi agli X-Men il piano di Stryker e il motivo del suo odio verso i mutanti. Suo figlio, Jason, è un mutante capace di proiettare pensieri nella mente altrui e Stryker lo aveva portato da Xavier molti anni prima per aiutarlo, ma Xavier non curava i suoi studenti, insegnava loro a usare i poteri. Per contro, Stryker considera la mutazione un abominio: sua moglie si era suicidata per impedire a Jason di sfogare psichicamente su di lei il proprio rancore (in particolare, si era trapanata il cervello nella speranza di liberarsi dai pensieri che il figlio le metteva in testa). Quando gli X-Men hanno fatto imprigionare Magneto, Stryker ha progettato la sua prigione interamente di plastica e lo ha interrogato per sapere tutto sulla scuola di Xavier e su Cerebro, sempre grazie al suo siero. Inoltre, il suo piano è usare una replica di Cerebro da lui costruita per localizzare tutti i mutanti esistenti e ucciderli. Erik spiega inoltre che Stryker è il responsabile dell'esperimento che ha portato al rivestimento di adamantio sullo scheletro di Logan (di cui lui non ha più memoria).

Gli X-Men e la Confraternita dei mutanti di Magneto decidono quindi di unirsi contro il loro nemico comune e, leggendo nella mente di Kurt, Jean riesce a scoprire che la base di Stryker è proprio sotto Alkali Lake, di cui Logan ignorava l'esistenza. Quella notte, inoltre, Logan e Jean hanno un breve momento romantico, ma lei gli confessa che, nonostante tutto, ama solo Scott. Il piano viene messo in atto e Mystica, fingendosi Wolverine, entra nella base e apre le porte agli altri mutanti. Jean si ferma ad affrontare Ciclope, che è sotto controllo mentale; il loro scontro però danneggia la diga. Magneto e Mystica si dirigono invece a fermare Xavier mentre questi (sotto il controllo di Jason, a sua volta controllato da Stryker) tenta di uccidere tutti i mutanti del mondo tramite la replica di Cerebro, ma riescono a fermarlo. Assunte le sembianze di Stryker, Raven asseconda il volere di Erik e dà un contrordine a Jason: il Professore adesso tenterà di uccidere gli umani, anziché i mutanti, dopo che Erik riprogramma la macchina.

Nightcrawler e Tempesta nel frattempo trovano i bambini rapiti e in seguito accedono a Cerebro in modo da interrompere l'illusione di Jason su Xavier e fermare la strage. Wolverine intanto va alla ricerca di Stryker. Dapprima lo incontra in un laboratorio dove vi sono serbatoi di adamantio fuso e lì si ricorda dell'esperimento a cui fu sottoposto, salvo poi ritrovarsi ad affrontare Lady Deathstrike. Dopo una dura battaglia, Logan la uccide e ferma Stryker, incatenandolo al suo elicottero. Quest'ultimo viene poi usato da Magneto e Mystica per fuggire, ma prima prelevano Pyro, che simpatizza con gli ideali della Confraternita. Frattanto, Wolverine arriva in tempo per avvertire gli altri dell'imminente crollo della diga. Tornati tutti al jet, questi non decolla, al che Jean scende a terra per deviare l'acqua del bacino idrico che ha già travolto Stryker. Sollevato l'aereo oltre l'inondazione, si fa travolgere anche lei. Nonostante questa perdita e il dolore di tutti, Xavier decide di andare subito a Washington.

Alla Casa Bianca il presidente degli Usa sta per comparire in televisione e riproporre la legge di Registrazione (per cui i mutanti devono essere censiti alla nascita), quando il cielo si oscura, le telecamere si spengono e i presenti sono immobilizzati. Gli X-Men appaiono e il presidente viene informato della verità sul suo attentato. Giorni dopo, la vita riprende all'istituto, mentre Ciclope non si rassegna all'idea di aver perso Jean. Durante una sua lezione, Xavier racconta ai suoi studenti la storia di re Artù secondo il libro Re in eterno (in prigione, Magneto leggeva lo stesso libro). Ad Alkali Lake la voce di Jean fa una breve considerazione sull'evoluzione umana e, nel mentre, il lago riflette una sagoma a forma di Fenice.