X-MEN CONFLITTO FINALE

Vent'anni prima degli eventi del film, Charles Xavier e Erik Lehnsherr offrono il loro aiuto all'undicenne Jean Grey, una giovane mutante dai poteri potenzialmente illimitati che corre il rischio di essere sopraffatta da essi. Dieci anni dopo, Warren Worthington scopre che suo figlio Warren Worthington III è un mutante dotato di ali che si è tagliato per nascondere il suo segreto, poi si nominerà Angelo.

Nel presente vediamo Wolverine e Tempesta, affrontare quella che si scopre essere una simulazione virtuale nella "Stanza del Pericolo" al fine di addestrare alcuni mutanti più giovani pronti a entrare nella squadra degli X-Men. Poco dopo il Segretario del Dipartimento degli Affari Mutanti, Hank McCoy, si reca da Xavier comunicandogli una notizia allarmante. In collaborazione con il governo degli USA, la società farmaceutica di Warren Worthington, ha elaborato quella che sembra una cura definitiva per il gene mutante, cosa che Warren ha sempre cercato di ottenere da quando ha scoperto la mutazione del figlio. Alcuni mutanti vedono il loro potere come una maledizione e decidono di sottoporsi alla cura volontariamente; tra questi vi è anche Rogue che decide di sbarazzarsi dei suoi poteri per poter avere una vita normale e rompe la sua relazione con Bobby, il quale stringe nel frattempo un forte legame con la sua coetanea Kitty Pryde. Warren che nel frattempo ha rigenerato le ali ,fugge dal padre e dai suoi scienziati avendo accettato la sua natura.

Magneto, invece, percepisce la cura come mezzo per un possibile sterminio della razza mutante e decide così di reclutare un esercito per uccidere coloro che vogliono usarla sui mutanti: alle sue file si uniscono i mutanti Omega guidati da Callisto tra i quali Arclight, Ash, Psylocke, Quill e Spike. Intanto Hank scopre che il siero è ricavato dal DNA di Jimmy, un ragazzino mutante con l'abilità di annullare i poteri di qualunque suo simile gli si avvicini, informazione percepita anche da Mystica che è stata catturata dall'FBI. Durante il trasporto di quest'ultima in un carcere federale, Magneto assalta il convoglio con l'aiuto di Pyro, per salvare la sua vecchia alleata. L'azione riesce e Raven viene liberata assieme ad altri due mutanti: l'Uomo Multiplo e il Fenomeno, tuttavia una guardia dotata di una pistola caricata con cartucce di siero anti-mutante colpisce Mystica, togliendole i poteri. Magneto quindi, seppur riluttante, la abbandona dal momento che ella non è più una della sua specie.

Scott Summers, ancora disperato per la morte di Jean Grey, sente delle voci nella sua testa che lo conducono ad Alkali Lake, dove incontra proprio una rediviva Jean. I due si riabbracciano e la mutante chiede a Scott di guardarla negli occhi senza indossare gli occhiali protettivi; Ciclope acconsente, ma qualcosa nella sua amata è cambiato e viene ucciso dai suoi poteri, ormai amplificati e dei quali non ha controllo. Logan e Tempesta, giunti sul luogo, trovano Jean priva di conoscenza e gli occhiali di Scott. Dopo averla trasportata e messa in osservazione alla scuola, il Professor Xavier spiega che Jean è una delle mutanti più potenti della Terra e che nel corso degli anni ha però sviluppato un alter ego chiamato, durante le loro sedute di ipnosi, "Fenice", una forza malvagia di puro istinto. Xavier per evitare che la Fenice si manifestasse nel pieno della sua forza, applicò in Jean delle barriere psichiche in modo da confinarla. Dopo l'incidente alla diga, essa si è totalmente liberata.

Jean riprende conoscenza e apprende che la Fenice, avendo preso il sopravvento, ha ucciso Scott, così Jean implora Wolverine di ucciderla prima che perda il controllo e uccida altri innocenti. Malauguratamente la Fenice riprende il sopravvento, aggredendo Wolverine per poi darsi alla fuga. Appresa la notizia, Xavier, Tempesta e Wolverine si recano a casa di Jean dove incontrano anche Magneto e i suoi alleati. Mentre Logan e Ororo rimangono impegnati in una lotta contro Callisto e Fenomeno, Charles e Erik provano entrambi a far rinsavire Jean, ma dopo un furioso litigio, la donna uccide Xavier, davanti agli occhi di Logan arrivato sul posto, e si unisce alla Confraternita di Magneto. Successivamente però, in un breve momento in cui è tornata sé stessa, Jean manda un messaggio a Wolverine che raggiunge la base nei boschi di Magneto dove apprende il suo piano. L'FBI tenta di catturare Lehnsherr usando le informazioni rivelate da una redenta Raven, ma alla sua base trovano solo duplicati di Magneto creati dall'Uomo Multiplo. Magneto quindi dirotta il Golden Gate Bridge verso l'isola di Alcatraz, dove si trova la compagnia farmaceutica produttrice del siero anti-mutante e la sua confraternita attacca l'edificio con l'intento di uccidere Jimmy. I soldati inizialmente sono in vantaggio conoscendo i poteri di Erik, non indossando indumenti o oggetti di metallo e usando armi di plastica caricate col siero, neutralizzano diversi mutanti, ma uno di essi con un'onda sonica distrugge le armi

Gli X-Men restanti, ovvero Wolverine, Tempesta, Uomo Ghiaccio, Bestia, Colosso e Shadowcat giungono quindi sul posto per fermarli. Durante la feroce battaglia Kitty riesce a salvare Jimmy da Fenomeno, che perde momentaneamente i poteri nella stanza del bambino,Bobby sconfigge il suo rivale Pyro e Tempesta riesce a neutralizzare Callisto mentre Warthington viene salvato da suo figlio ; Bestia invece riesce a iniettare il siero a Magneto facendogli perdere i poteri, grazie a un gioco di squadra. Al termine dello scontro sopraggiunge Fenice, che in preda a una furia cieca inizia a distruggere qualunque cosa intorno a lei con delle onde di energia. In un momentaneo attimo di lucidità, Jean implora Wolverine di aiutarla (di ucciderla): lui è il solo in grado di farlo, in quanto unico mutante dotato di poteri di auto-guarigione sufficientemente forti da permettergli di superare le onde di energia senza morire. Riluttante, Wolverine dichiara il suo amore a Jean e la uccide trapassandola con i suoi artigli. Con la morte di Jean tutto quello che la Fenice (il suo alter ego) aveva distrutto si ricompone; con il corpo della sua amata tra le braccia, Wolverine sfoga la sua rabbia urlando e piangendo.

Tempo dopo, la scuola è ancora attiva nonostante la scomparsa di Xavier, con Tempesta nel ruolo di preside e Logan come uno degli insegnanti. Intanto, Hank viene nominato ambasciatore dell'ONU come simbolo di pace tra umani e mutanti. Rogue torna alla X-Mansion e rende noto a Bobby di aver preso il siero, in modo da poterlo finalmente toccare senza fargli del male. Magneto, ormai privo di poteri, triste, solo e ormai pentito delle sue azioni, vestito come una persona qualunque sta giocando da solo a scacchi in un parco sentendo anche pesantemente la mancanza del suo migliore amico; quando prova a muovere un pezzo con l'imposizione delle mani questo si muove debolmente, rivelando che la cura non era permanente.

In una scena dopo i titoli di coda, la dottoressa MacTaggert esamina un paziente in stato di coma; si tratta del fratello gemello di Xavier, nato cerebralmente morto, visibile anche a inizio film, durante la lezione tenuta dal Professore. Improvvisamente l'uomo si sveglia e saluta Moira con la voce di Charles, rivelando che il mutante è riuscito a sopravvivere allo scontro con la Fenice, trasferendo la sua mente nel corpo del fratello.