X-MEN L'INIZIO

Nel 1944, nel campo di concentramento di Auschwitz, l'ufficiale nazista Klaus Schmidt osserva il giovane Erik Lehnsherr piegare un cancello di metallo con la mente dopo essere stato separato dai suoi genitori. Nel suo ufficio Schmidt chiede a Erik di replicare l'evento spostando una monetina di metallo. Quando il ragazzo non ci riesce, il dottore uccide sua madre davanti a lui scatenando però la collera di quest'ultimo. In un attimo distrugge la stanza e uccide due soldati sotto gli occhi divertiti e appagati del dottor Schmidt. Nel frattempo nella contea di Westchester, il giovane telepate Charles Xavier incontra nella sua cucina la mutaforma Raven, felice di aver finalmente incontrato qualcuno "diverso" come lui, Charles la invita a divenire un membro della sua famiglia.

1962; Erik, oramai adulto, dà la caccia ai nazisti sperando di trovare Schmidt per ucciderlo. Intanto in Inghilterra all'Università di Oxford, Charles sta per discutere la sua tesi sulla mutazione genetica. Raven, che vive con lui come una sorella, è alla costante ricerca di attenzioni per essere amata per com'è. A Las Vegas l'agente della CIA Moira MacTaggert segue il colonnello Hendry al Club Infernale dove il colonnello viene adescato dalla telepate Emma Frost, che lo consegna al suo capo Sebastian Shaw; al seguito di Shaw ci sono altri due mutanti, Riptide e Azazel, e quest'ultimo (un mutante teleporta) porta Hendry nella War Room dove il colonnello convince gli Stati Uniti ad installare dei missili nucleari in Turchia. Successivamente Shaw ucciderà Hendry rivelando di essere in realtà il dottor Schmidt e di essere egli stesso un mutante in grado di assorbire energia, grazie a questo potere, infatti, si è mantenuto giovane nel corso degli anni. Moira convince Charles e Raven ad entrare nella CIA; i tre convincono il direttore McCone che i mutanti esistono e che Shaw è una minaccia. Nonostante McCone si rifiuti di reclutare dei mutanti, un misterioso uomo in nero decide di impiegarli nella sua agenzia.

Intanto Erik riesce a rintracciare Shaw e ad attaccarlo ma quest'ultimo fugge a bordo di un sottomarino. Xavier salva Erik in mare e lo introduce alla neonata Divisione X della CIA. Qui i due incontrano Hank McCoy, un giovanissimo scienziato che in realtà è un mutante con i piedi da gorilla. Raven e Hank legano in fretta e quest'ultimo promette alla ragazza di trovare una cura per il loro "problema" ricavandola dal sangue della giovane. Entrambi infatti detestano il proprio aspetto mutante, i piedi animaleschi di Hank e il colore blu della pelle di Raven, convinti che ciò non permetterà mai a persone come loro di integrarsi nella società e dunque avere una vita normale. Per fermare Shaw, Charles ed Erik decidono di reclutare dei mutanti; per questo Xavier usa Cerebro, un dispositivo costruito da Hank in grado di amplificare a dismisura i suoi poteri di telepate fino a farli arrivare a grande distanza. In questo modo Charles può scandagliare la mente di tutte le persone sparse sul globo, quindi localizzare gli altri mutanti. I due reclutano la spogliarellista Angel Salvadore dotata di ali da libellula, il tassista Armando Munoz con capacità elevate di adattamento, Sean Cassidy in grado di emettere onde ultrasoniche e anche Alex Summers, un mutante dai poteri al plasma incontrollabili.

Una volta entrati a far parte del gruppo, ognuno di loro sceglierà il proprio "nome da mutante": Munoz sarà Darwin, Cassidy Banshee, Summers Havok, mentre Raven decide di chiamarsi Mystica. Anche il mutante Logan, in seguito noto come Wolverine, sarà trovato mentre beve in un bar ma, prima che Charles ed Erik possano parlare, li manderà via con modi sgraziati. Quando Emma Frost incontra un generale russo, Erik e Xavier la catturano e la consegnano alla CIA. Nel frattempo Shaw, Riptide e Azazel attaccano la Divisione X uccidendo tutti gli agenti della CIA tranne i giovani mutanti, proponendo loro di schierarsi dalla loro parte. Angel accetta l'invito di Shaw e quando Darwin tenta di farle cambiare idea Shaw lo uccide. Con la Divisione X distrutta, i giovani mutanti si recano nella contea di Westchester nella dimora di Charles. Qui Erik lo convince ad allenare i giovani mutanti per combattere Shaw ad armi pari. Intanto Hank prepara la cura per lui e Raven, ma quest'ultima decide di rifiutare in quanto orgogliosa della sua mutazione; poco dopo Raven decide di concedersi ad Erik, l'unico in grado di vedere la sua bellezza.

Intanto Shaw provoca la crisi dei missili di Cuba ed indossa un elmetto costruito dai russi che impedisce a Xavier di entrare nella sua mente. La cura che Hank ha realizzato non lo rende normale come sperava, bensì lo fa tramutare in un mutante blu soprannominato come Bestia. Il gruppo parte a bordo di un jet (simile al Lockheed SR-71) sperimentale e riescono a fermare la guerra nucleare appena in tempo, i mutanti si scontrano davanti alle flotte di entrambe le nazioni. Erik riesce a fronteggiare Shaw (il quale tenta di convincerlo a unire le forze per far prevalere la specie mutante) e, privatolo dell'elmetto, permette a Xavier d'immobilizzarlo tramite telepatia. Successivamente Erik indossa l'elmetto per far in modo che Charles non entri nella sua testa e, benché riveli al mutante nazista di condividere in pieno i suoi progetti, riesce finalmente a vendicare la madre: usando i suoi poteri Erik uccide Shaw trapassandogli simbolicamente il cranio con la monetina che quest'ultimo, tanti anni prima, gli aveva ordinato di far muovere, mentre Charles sperimenta il dolore della morte cerebrale di Shaw.

Erik, assunto il comando della situazione, mostra a tutti il cadavere di Shaw e spiega ai mutanti che il vero nemico sono gli esseri umani e che sono pronti a fare fuoco su di loro, poco dopo infatti riesce a fermare tutti i missili rivolti contro di loro e li respinge verso le flotte. Nel tentativo di fermarlo Moira gli spara, ma Erik devia tutte le pallottole indirizzandone accidentalmente una verso la schiena di Charles. Xavier trattiene l'amico quando cerca di strangolare Moira per averlo paralizzato e dice ad Erik che non sarà mai dalla sua parte, così quest'ultimo decide di andare via con Azazel, Janos e Angel; a lui si unisce anche Raven. Charles fa ritorno nella villa paralizzato e costretto a rimanere sulla sedia a rotelle a vita pronto ad aprire una scuola per giovani dotati che Moira chiama amichevolmente X-Men. Moira promette a Charles di non rivelare mai a nessuno il luogo dove si trovano ma Charles, baciandola, le cancella tutti i ricordi recenti sull'accaduto per proteggerla dalle pressioni dei servizi segreti. Al quartier generale della CIA, Erik, soprannominatosi Magneto come gli avevano suggerito precedentemente i ragazzi, libera Emma Frost chiedendole di unirsi alla sua squadra.